Mediante RM. N° 110–IN/DM del 25 de Agosto 1987, se crea la Dirección de Operaciones Especiales de las Fuerzas Policiales (DOES FFPP), dependiendo de la Dirección General de las Fuerzas Policiales; para su creación se tomó como base a las Unidades y Sub-Unidades Especializadas de las tres ex-instituciones policiales (GC-PIP-GR), con las funciones orientadas a combatir la subversión.

El 08FEB88, con Memorandum N° 36-88-IN/VM, el Señor Ministro del Interior, se dispone que en el local del Fundo Barbadillo (ex-centro de instrucción PIP), se instalen las Unidades Operativas y Órganos de Apoyo de la DOES; mientras que su Jefatura y el Estado Mayor, hagan lo propio en el 4to piso del Ministerio del Interior.

Mediante RD.N° 1273-91-DG.PNP/EMG del 11 de Marzo de 1991, la Base DINOES recibe el nombre de Cuartel Policial Coronel PNP “Marco PUENTE LLANOS”, en memoria a uno de sus integrantes, muerto en acción de armas en un enfrentamiento con delincuentes terroristas en el distrito de Ñuñoa del Departamento de Puno.

Entre las primeras Unidades conformadas por calificados elementos que dieron origen a la DINOES, tenemos a la Unidad Táctica de Operaciones Especiales “GRUPE ” (grupo delta), de la ex – Guardia Civil y "LLAPAN ATIC" de la ex – Guardia Republicana; luego el Grupo de Operaciones Especiales “HALCÓN” y posteriormente los Grupos Operativos “PPAHUAC”, “ÁGUILA” y el "BOES-ASHANINGA”.

En la actualidad, cuenta con las Divisiones “Crnl PNP MARCO PUENTE LLANOS”,” PATRULLAJE TÁCTICO“ y “SEGURIDAD Y PROTECCIÓN” que realizan operativos contra la subversión, narcotráfico, patrullaje táctico urbano y seguridad especial.